Мантра Харе Кришна при правильном настрое на неё воздействует на всё внешнее существо, начиная с глубоких слоёв подсознания. Что же касается чакр, то она - как я понимаю, воздействует не на них а на тонкие тела, очищая их, и перестраивая на более высокий спектр вибраций.