Агни-йога по смыслу направлена на обращение к мистической стихии творческого Огня в её этическом аспекте, о чём говорит другое название учения - Живая этика. В некоторой степени это можно соотносить с огнём внутреннего солнца - психического существа, являющегося истинным внутренним духовным центром человека, его духовным сердцем. Но Рерихи сразу восприняли свои духовные открытия, как религию особого свойства, обращающуюся к источнику мистического характера - Махатме Мории, который надиктовывал тексты Елене Рерих, которые она записывала посредством автоматического письма. О собственной работе в духовном плане здесь можно говорить, только так же, как и в любой религии - следовать заветам, данным в откровениях, полученных мистическим путём из "уст" первоисточника, которого достоверно никто никогда в теле не видел (что вовсе не означает, что он не существовал и не существует на тонком плане). Результатом работы должно стать духовное очищение последователя Агни-йоги, в результате чего человек получает возможность воспринимать откровения и поддержку Высших сфер, к чему стремятся во многих мировых религиях и направлениях йоги.
Отличие от Интегральной йоги по смыслу в том, что здесь сознание человека направлено через ум во внешний мир, с опорой на информацию, записанную в книгах Е.Рерих. То, что в них представлено, является своеобразной транскрипцией для европейского читателя основных постулатов, издревле существующих в индийской культуре, и записанных в Ведах и Упанишадах.
Интегральная йога в начале работы посвящена обращению сознания человека к его Истинному "Я" - психическому существу, внутреннему духовному Учителю человека. В этом случае человек получает возможность соотносить всё, что он делает, с откликом своего Истинного "Я" - внутреннего духовного учителя, присутствующего в каждом человеке, заинтересованном в своём /внутреннем/ духовном росте. Духовный рост в йоге не тождественен росту внешней культуры поведения и выходит за рамки традиционных представлений о светской и религиозной духовной культуре, не отрицая их, и в определённой степени соответствует этим понятиям.