Существует два типа внимания:
Ввнимание внешнего типа направлено во внешний мир, оно достаточно плотное, поскольку включает в себя и витальные, и ментальные энергии.
Внимание внутреннего типа гораздо более тонкое, и медитации на внутренний мир, включая чакры, возможны только с вниманием внутреннего типа.
Если разделения внимания на эти две "фракции" не произошло (а это приходит только с практикой), а предварительной настройки на медитацию такого уровня не было, то попытки проникать в свой внутренний мир могут приводить к напряжённости в физическом теле, т.к. при этом происходят искажения и деформации в энергетических структурах тонкого тела. Это приводит к изменению самочувствия, и похоже, что вы это и почувствовали. Для устранения этого эффекта можно использовать практику глубокой релаксации без вхождения в медитацию. При этом лучше предварительно давать себе установку на полное восстановление всех функций организма.
Для раскрытия "третьего глаза" необходима готовность, точно так же, как и для восприятия своего Истинного "Я". Перед медитацией необходима настройка на вибрации тех частотных уровней, которые соответствуют частотным уровням областей существа, на которые предполагается медитация. При этом необходимо всё предыдущее перед медитацией время находиться в спокойном и возвышенном состоянии, желательно слушать медитативную музыку, читать или слушать священные тексты или слушать и смотреть видео духовных учителей.